溯祖树与基因树之间冲突的可视化

主要用到PhyParts软件以及phypartspiecharts.py脚本

参考网站：

blackrim / phyparts / README.md — Bitbucket

phyloscripts/phypartspiecharts at master · mossmatters/phyloscripts · GitHub

Abronia HybSeq Phylogeny - HackMD

以上的英文页面讲解非常清晰，在此抛砖引玉，方便大家检索。

一、phyparts的安装（首先保证运行环境有maven，否则无法安装）

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git clone https://bitbucket.org/blackrim/phyparts.git

sh mvn_cmdline.sh（安装失败）

##缺少依赖，安装maven

conda install conda-forge::maven

sh mvn_cmdline.sh（安装成功）

java -jar target/phyparts-0.0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar （无报错则安装成功）

二、phyparts使用

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java -jar /project/tianzhenWu/software/phyparts/phyparts/target/phyparts-0.0.1-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar -a 1 -v -d rooted_7756_gene_tree/ -m rooted_astral_tree/astral.tree

报错：Tree is invalid: missing concluding semicolon. Exiting.

经过排查，原因是物种树没有rooted

三、可视化

下载phypartspiecharts.py脚本，来自phyloscripts/phypartspiecharts/phypartspiecharts.py at master · mossmatters/phyloscripts · GitHub

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python phypartspiecharts.py rooted_astral_tree/astral.tree out 7756

报错：raise NewickError("Unexpected newick format '%s' " %subnw[0:50])
ete3.parser.newick.NewickError: Unexpected newick format '[&label=1]:2.800269'

原因：物种树中存在[&label=1]，要将其删掉，且保证当下环境是python3，并且可以使用ete3软件

添加其他参数

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python phypartspiecharts.py rooted_astral_tree/astral.tree_for_keshihua out 7756 --to_csv --no_ladderize --svg_name pies2.svg

--colors COLORS [#9DDOC7 #8AB1D2 #E58579]参数无效。

后续可以利用csv文件的数据在其他工具中重新绘制饼状图，也可以将svg打印为pdf，在ai里面手动调整颜色。

得到的svg格式图片如封面所示。在软件默认设置的树节点饼状图的颜色中，蓝色表示支持这一节点的基因树的比例，绿色表示在不支持这一节点的基因树中，一致性最高的拓扑的基因树的比例，红色表示其他不支持这一节点的基因树的比例，灰色表示无信息的基因书的比例。