利用ete3批量对基因树定根并检测单系性

利用ete3的set_outgroup函数批量对基因树定根并利用check_monophyly函数检测单系性

对溯祖法得到的多个基因树进行定根，将多个基因树文件cat到一个文件中，得到alltree.txt，利用以下脚本对其批量定根。

###首先下载ete3工具包
from ete3 import Tree
for i in range(7121):      #提前创建7122个文件，用于写入定根后的树文件，修改为基因的数量减一
        f = open('./%s'%i + '.txt',"a")
        f.write("")

n=0
with open('alltree.txt','r') as f:
        for line in f:
                t = Tree(line)
                t.set_outgroup(t&"mcap")      #设置外群，修改双引号之间的物种名即可，若歪群为两个物种则改为t.set_outgroup("mcap1"&"mcap2")
                t.write(outfile=str(n)+".txt")   #将每一行的树定根后写入到每一个文件中
                n=n+1

写为python脚本并运行，然后将其合并方便后续分析。

1	sed '' *.txt > alltree.rooted.txt

检测单系性

from ete3 import Tree
with open('alltree.rooted.txt','r') as f: #此处alltree.rooted.txt为包含所有基因树的文件，每行一个基因树
	for line in f:
		t = Tree(line)
		print(t.check_monophyly(values=["aawi", "asub", "aflo", "agem", "aint", "apal", "adig", "alor", "aacu", "anas", "amic", "amil", "asel", "acyt", "ahya", "amur", "aech"], target_attr="name"))   #利用check_monophyly函数检测单系性，修改方括号内的物种名即可