Knowledge of Sequencing
浅谈测序
基因组组装是指使用测序方法将待测物种的基因组生成序列片段（即read），并根据reads 之间的重叠区域对片段进行拼接，先拼接成较长的连续序列（contig），再将contigs 拼接成更长的允许包含空白序列（gap）的scaffolds，通过消除scaffolds 的错误和gaps，将这些scaffolds 定位到染色体上，从而得到高质量的全基因组序列。
自基因组测序以来的组装里程碑
第三代测序技术又称为单分子测序技术，主要是指pacific biosciences公司推出的single molecular real time(SMRT)测序技术（通过荧光辨别）和Oxford nanopore technologies公司推出的纳米孔测序技术（通过电流辨别）。测序时，DNA不需要PCR扩增过程，即可实现对每一条DNA分子的单独测序。
Pacbio测序平台下SMRT测序技术的两种模式：
Standard sequencing for continuous long reads(CLR)超长度长测序：存在随即错误；
Circular consensus sequencing（CCS）环形比对测序：可自动纠错，又被称为HIFI。
Hi-C（High-throughput chromosome conformation capture），高通量染色体构象捕获。
利用甲醛对样本进行交联，质检合格后使用限制性内切酶（如MboI等）进行酶切，酶切片段经生物素标记、平末端连接、DNA纯化提取，超声打断后钓取含有生物素的片段，进行建库测序。随后，对原始下机数据进行质控，并将质控截取后的Clean reads与参考基因组比对，获得用于互作分析的Valid reads。
常用的Hi-C数据处理软件是HiC-Pro，该软件采用两步比对策略，有效提高了数据的利用率的同时，还提供了一系列的质控标准，对文库质量进行评估。
目前，用于Hi-C辅助基因组组装的软件有LACHESIS、SALSA2、3D-DNA、ALLHiC等，这些软件在基因组组装方面各有优劣（各种方法具体算法参考Hi-C辅助组装知多少，硬核知识点来了~ - 商家动态 - 资讯 - 生物在线 (bioon.com.cn)）
参考：
王通.纳米孔测序数据分析手册.
Giani, A. M., Gallo, G. R., Gianfranceschi, L., & Formenti, G. (2020). Long walk to genomics: History and current approaches to genome sequencing and assembly. Computational and structural biotechnology journal, 18, 9-19.
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