conda
使用conda安装软件以及环境管理
官网conda下载安装程序wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh
安装bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh
安装过程中一直yes,并且将其设置为环境变量,然后重新执行.bashrcsource ~/.bashrc
添加频道conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
安装生信软件conda install softwarename
conda管理环境的部分命令集合:
#创建名为env_name的新环境
conda create -n env_name
#克隆原有的环境old_env_name,并命名为new_env_name
conda create -n new_env_name –clone old_env_name
#激活env_name环境
conda activate env_name
#退出env_name环境
conda deactivate
#删除env_name环境
conda remove -n env_name –all
#查看环境列表
conda info -e
#查看当前环境下安装的软件包
conda list
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