使用conda安装软件以及环境管理

官网conda下载安装程序
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh
安装
bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh
安装过程中一直yes,并且将其设置为环境变量,然后重新执行.bashrc
source ~/.bashrc
添加频道
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

安装生信软件
conda install softwarename


conda管理环境的部分命令集合:

#创建名为env_name的新环境

conda create -n env_name

#克隆原有的环境old_env_name,并命名为new_env_name

conda create -n new_env_name –clone old_env_name

#激活env_name环境

conda activate env_name

#退出env_name环境

conda deactivate

#删除env_name环境

conda remove -n env_name –all

#查看环境列表

conda info -e

#查看当前环境下安装的软件包

conda list